Tamagotchi Uniの真骨頂は、基本ルートだけでは出会えない「限定キャラクター」や「隠し進化条件」の存在だ。本体に「Tama Passport」や各種DLCコード（Very Berry LandやFashion Showなど）を読み込ませることで、専用エリア限定のフレンド期キャラクターが解放される。
隠しキャラクターへ進化させる秘訣は、ヤング期のうちに「特定のエリアフードを3回以上食べる」「専用のおもちゃで5回以上遊ぶ」といったトリガーを成立させる点にある。条件を満たした状態で成長の刻を迎えると、通常画面の進化演出とは異なる特殊エフェクトとともにレアキャラクターが姿を現す。
また、本体の性格（パーソナリティ）システムも忘れてはならない。「シャイ」「エネルギー」など、個体ごとに設定された性格によって特定の行動に対する反応が変わり、これが進化結果の微妙な振れ幅に影響を与えるケースも確認されている。
