境内の広大な敷地には、激動の歴史を物語る重要文化財や伝説の遺構が点在しています。参拝時に絶対に外せない三井寺 見どころを深掘りします。
霊鐘堂に安置されている古鐘には、あまりにも有名な三井寺 弁慶の鐘 伝説が刻まれています。伝承によると、比叡山と三井寺の抗争の際、怪力を誇る武蔵坊弁慶が三井寺からこの巨大な鐘を奪い取り、比叡山頂まで一人で引き摺り上げました。いざ鐘を突いてみると「イノー、イノー（三井寺へ帰りたい）」と響いたため、激怒した弁慶が鐘を谷底へ投げ捨てたといいます。現在も鐘の表面に残る無数の擦り傷やひび割れは、当時の引き摺り跡や投擲の衝撃痕と語り継がれています。
一方、境内の中心に堂々と聳え立つ園城寺 金堂 国宝は、豊臣秀吉の正室・北政所（ねね）によって1599年（慶長4年）に再建された傑作です。桃山時代の豪壮華麗な気風と、平安以来の密教寺院の伝統様式が見事に融合した建築美を誇り、堂内には本尊の秘仏・弥勒菩薩をはじめとする平安・鎌倉期の諸仏が厳かに祀られています。
さらに、境内の鐘楼に懸かる「三井の晩鐘」は、三井の晩鐘 近江八景の一つとして名高く、「音の三井寺」と称されるほど美しく余韻の長い音色で知られています。保存状態の極めて良好な金銅鐘であり、環境省の「日本の音風景100選」にも選定されています。
