電子レンジ調理において最も注意しなければならないのが、加熱中の突沸や破裂事故です。独立行政法人製品評価技術基盤機構（NITE）等の実験データでも示されている通り、卵の内部には水分が多く含まれており、マイクロ波によって中心部が100℃以上の過加熱状態（過熱水蒸気）に達することがあります。殻付き卵はもちろんのこと、黄身の薄皮（卵黄膜）が破れていない状態で加熱すると、内部で発生した高圧の水蒸気が逃げ場を失い、一気に破裂して爆発音が鳴り響くことになります。
スクランブルエッグを作る際に爆発を確実に防ぐポイントは、「事前の完全な攪拌」にあります。黄身の膜をフォークなどで完全に破り、白身と均一になるまでしっかりと混ぜ合わせることで、局所的な温度上昇と水蒸気の密閉ポケットが形成されるのを完全に防止できます。
また、ラップの有無についても科学的なメリット・デメリットが存在します。結論から言えば、スクランブルエッグのレンジ調理では「ラップなし（またはふんわり隙間を空けたラップ）」が推奨されます。完全に密閉したラップをかけると容器内に湿気がこもりすぎて仕上がりが水っぽくなるだけでなく、ラップを外す際に高温の水蒸気で火傷をするリスクが高まります。ラップなしで加熱すれば余分な水蒸気が適度に逃げ、卵液の温度変化を視認しながら秒単位でコントロールしやすくなります。
