市営の福祉施設ということもあり、穂波福祉総合センターの利用料金は民間のフィットネスクラブと比べて非常にリーズナブルです。市民プール・温水プールの相場と比較しても続けやすい価格設定がなされています。
一般的な個人利用料は、プール1回あたり一般（大人）数百円程度、小中学生や高齢者はさらに割引された低価格で利用可能です。また、定期的に通う方向けに回数券や定期利用券も用意されており、長期的な健康習慣づくりを力強く後押ししてくれます。
さらに見逃せないのが、各種減免制度の存在です。飯塚市内に在住する65歳以上の高齢者や、身体障害者手帳・療育手帳・精神障害者保健福祉手帳を所持している方、およびその介護者（1名）を対象に、利用料の免除や大幅な減額措置が適用されます。減免を受ける際は、受付窓口にて各種手帳や身分証明書の提示が必要となるため、初回訪問時には忘れずに持参しましょう。
