ミュースカイに乗車する際、初心者が最も引っかかりやすいのが二重の料金体系だ。乗車には「運賃（乗車券）」と「特別車両料金（ミューチケット 450円）」の両方が必須となる。この仕組みを理解していないと、改札前で足止めを食らうことになる。
運賃の支払いには、名古屋鉄道が導入しているmanaca（交通系IC決済プラットフォーム）をはじめ、全国相互利用サービスに対応したICカードがそのまま利用可能だ。改札機にICカードをタッチし、ミューチケットを別途保持しておくだけでスムーズに通過できる。駅の券売機や専用窓口でも購入できるが、混雑する時間帯は列に並ぶだけで貴重な時間を浪費する恐れがある。
