神楽坂の街を歩く際、店舗の位置関係を把握しておかないと目的の店とは違う店舗に入ってしまうことがあります。神楽坂五十番の場所とアクセスは、神楽坂通り（早稲田通り）の「坂上」と「坂下」で綺麗に分かれています。
元祖五十番 神楽坂本店は、東京メトロ東西線「神楽坂駅」の1番出口（神楽坂口）から徒歩約1〜2分、都営大江戸線「牛込神楽坂駅」A3出口から徒歩約3分という神楽坂上の好立地（新宿区神楽坂6-4）にあります。赤い看板とガラス張りのモダンな店構えが目印で、店頭のスチーマーからは常に食欲をそそる蒸気が立ち込めています。
対する五十番総本店は、JR・地下鉄各線が乗り入れる「飯田橋駅」のB3出口から徒歩約2〜3分、神楽坂下交差点から坂を少し上った神楽坂下エリア（新宿区神楽坂3-2）に位置します。総本店は過去にビルの建て替え等に伴う仮店舗移転などを経ていますが、現在は飯田橋駅からのアクセスが非常にスムーズな場所でテイクアウトを中心に営業を展開しています。
飯田橋側から神楽坂を上っていくと最初に出会うのが「総本店」、善国寺（毘沙門天）を越えて神楽坂駅方面へ上りきった先にあるのが「元祖本店」と覚えておくと迷いません。
