「PayPayへのチャージはすべて無料」という思い込みこそが、予期せぬ出費を生む最大の要因です。SNSや知恵袋などで散見される「残高チャージで手数料を取られた」というトラブルの9割以上は、ソフトバンク・ワイモバイル・LINEMOの通信料金と合算して支払うソフトバンクまとめて支払い（ワイモバイルまとめて支払い）の仕様変更に起因しています。
公式発表資料によると、まとめて支払いを利用したチャージは毎月初回の1回目のみ手数料無料ですが、同月内の2回目以降のチャージには2.5%（税込）の手数料が加算されます。例えば、月半ばに2回目のチャージとして10,000円を入金した場合、250円の手数料が上乗せされ、携帯電話料金の請求時に10,250円が引き落とされる仕組みです。
「PayPayチャージ手数料はなぜかかるのか」という疑問に対し、決済インフラの構造を踏まえると、キャリア決済に伴う通信事業者側の決済手数料コストが背景にあります。サービス普及期には運営側が全額負担していた手数料コストを、持続可能な事業モデルへ転換する過程でユーザー側に一部求めた結果といえます。少額を何度も細かくチャージする習慣がある人ほど、知らず知らずのうちに毎月数百円から数千円の手数料を支払うリスクを抱えています。
