愛媛マラソン開催に伴い、公共交通機関も特別運行体制へ移行します。松山市内を網羅する伊予鉄グループ各線では、大幅な運休や運行ルートの短縮が実施されます。
まず、伊予鉄市内電車運休情報として、ランナーが線路を横断する本町線（本町一丁目〜本町六丁目間）は終日運休となる傾向があります。城北線や環状線（大街道・松山市駅・JR松山駅前方面）も、ランナー通過のタイミングに合わせて一時的な運行見合わせや折り返し運転が発生します。
さらに影響が大きいのが愛媛マラソン路線バスダイヤ変更です。国道196号や勝山通り、平和通りを経由する北条線、三津・高浜線、市内循環各系統は、規制時間帯において大幅な運休や区間運休、迂回運行となります。空港リムジンバスやJR松山駅発着便も迂回運行に伴う発着遅延が発生するため、乗車前に伊予鉄公式サイトの当日運行速報を確認することが欠かせません。
