日本メダカ協会や主要ブリーダーの発表データを総合すると、現在認知されている改良品種は派生型を含めて1,000系統を優に突破しています。膨大な品種を理解する上で不可欠なのが、プロが鑑賞と選別で用いる「4つの基本軸（色・光・柄・体型）」です。
メダカの体色は、黒・黄・白・虹・赤の5種類の色素胞の組み合わせで決定されます。これに光の反射層や突然変異による骨格変化が加わることで、無限のバリエーションが生まれる構造になっています。
- 体色（カラー）：原種に近い「黒」、鮮やかな朱赤の「楊貴妃（赤系）」、漆黒を極めた「オロチ」、透明感のある「白」や「青」など。
- 光（グアニン層の表現）：背筋がメタリックに輝く「幹之（体外光）」、鱗の一枚一枚が星屑のように乱反射する「ラメ」、お腹側が光る「体内光」。
- 柄（斑紋・グラデーション）：錦鯉のような「三色（赤・白・黒）」や「紅白」、頭部だけが赤い「丹頂」、黒い斑点が入る「小川ブラック系統」。
- 体型変化：背びれと尻びれが同形状になり背中が光る「ヒカリ体型」、脊椎骨が短縮して丸みを帯びた「ダルマ体型」、ヒレが優雅に伸長する「ロングフィン・松井ヒレ長」。
鑑賞方法も二分されます。睡蓮鉢やプラ舟など屋外で上から鑑賞する「上見（うわみ）」に適した三色や体外光メダカと、室内ガラス水槽で横からヒレの揺らぎや腹部の光を楽しむ「横見（よこみ）」に適したヒレ長やヒカリ体型があり、設置場所に応じた品種選びが基本原則となります。
