本作におけるちいさなメダルの探索が他作と一線を画す理由は、独自の「ふしぎな石版」システムと複雑に絡み合っている点にある。新しい島を復活させるごとに、プレイヤーはまず見知らぬ過去の孤島へ放り出され、事件を解決して現代へ帰還したのち、ようやく本来の平穏を取り戻した同じ島を再訪することになる。
つまり、ひとつの土地に対して実質的に二重の探索が要求される。過去の惨状のなかで隠されていた場所に、数百年を経た現代ではまったく異なる建造物が建ち、新たな住人が住まう。過去でメダルが眠っていた床下が、現代では頑丈な地下室に改築され、別のメダルが配置されていることも珍しくない。この重層的な世界構造が、どこを調べ終えてどこを見落としたのかという記憶を撹乱し、プレイヤーにノート片手の検証作業を強いたのである。
