錦糸町駅に到着した後の動線設計も極めて重要です。錦糸町駅は地上3階構造のJR線（高架ホーム）と、地下4階構造の東京メトロ半蔵門線が立体的に交差しており、出口を間違えると駅構内や周辺の横断歩道で大きなタイムロスを生みます。
JR総武線の改札は大きく分けて北口改札と南口改札の2箇所が存在します。錦糸公園、オリナス錦糸町、東京スカイツリー方面へ向かう場合は「北口」、丸井錦糸町店、JRAウインズ、京葉道路方面へ向かう場合は「南口」が最短です。駅ビルであるテルミナ直結ルート（テルミナ口改札）を活用すれば、営業時間中は地上に出ることなく商業施設内を通過でき、雨天時の移動ストレスを大幅に軽減できます。
一方、東京メトロ半蔵門線の改札は地下に位置し、出入口番号は1番から5番まで設定されています。JR線への乗り換えは「出口3」を経由するのが最短ルートであり、連絡通路を通れば徒歩約3分で相互アクセスが可能です。構内案内サインに「JR線連絡」と明記されている青色の誘導ラインに沿って進むことが、混雑時の逆流を防ぐポイントです。
