東四郎丸小学校を卒業した児童の主な進学先中学校は、隣接する仙台市立袋原中学校です。学区内の大多数の児童が同校へ進学するため、小学校時代の友人と離れ離れになる不安が少なく、心理的な安心感を持って中学校生活へ移行できます。
近年、仙台市全体で推進されている「小中一貫・連携教育」の一環として、東四郎丸小学校と袋原中学校の間でも綿密な情報共有が行われています。中学校教員による出前授業や、部活動見学会、小中合同の教員研修などを通じて、いわゆる「中1ギャップ」の解消に積極的です。
地元の公立中学校への進学がスタンダードである一方、仙台圏内の私立・公立中高一貫校を受験する家庭も一部存在します。そうした進路の多様化に対しても、学校側は個別の教育相談や調査書作成などで柔軟に対応しています。
