中央道の混雑をさらに難解にしているのが、単一地点にとどまらない「多重ボトルネック構造」です。その中核にあるのが、八王子JCTの合流渋滞と談合坂SAの混雑状況です。
八王子JCTは圏央道（神奈川・東名方面および埼玉・関越道方面）と中央道が交差する巨大要衝ですが、合流部では速度差のある車両が頻繁に車線変更を行う「織り込み交通（ウィービング）」が発生します。圏央道側から流入してくる車両が本線の走行車線へ割り込み、それを避ける本線車両が追越車線へ急激に車線変更を行うことで、JCT手前の数キロにわたって激しいブレーキの波が発生します。この影響が下り線では元八王子トンネル付近まで、上り線では小仏トンネル出口付近まで波及し、渋滞の解消を大幅に遅らせる原因となっています。
一方、山梨県上野原市に位置する談合坂SAは、施設規模が大きい反面、休日は駐車場収容能力を大幅に超える利用者が殺到します。上り線では小仏渋滞を前に「最後のトイレ休憩」をとろうとする車両で分岐路から本線走行車線まで進入待ちの列が数百メートルにわたって溢れ出します。この「SA進入待ち車両」を避けるために後続車が追越車線へ強引に流れ込み、本線全体の平均速度を時速10km以下に落とし込む引き金となっているのです。
