関西福祉科学大学高等学校の最大の強みは、生徒個々の将来設計に合わせた3系統のコース編成にあります。それぞれの教育課程には、系列校の教育資源をフル活用した独自カリキュラムが組み込まれています。
まず、大学進学を主軸に据えた関西福祉科学大学高校の特別進学コースでは、放課後講習や個別指導体制が確立されており、共通テスト対策や推薦入試対策を早期から実施します。国公立大学や産近甲龍・摂神追桃といった私立大学への一般選抜・総合型選抜に対応できる学力を養成します。
一方、同校の看板とも呼べる関西福祉科学大学高校の保育進学コースは、併設の関西女子短期大学や関西福祉科学大学の教員・施設とダイレクトに連携。高校在学中からピアノレッスンやリトミック、絵本の読み聞かせ技術などを実践的に学べる点が、保育士・幼稚園教諭を目指す生徒から絶大な支持を得ています。