当時の報道において最も問題視されるべきは、科学的な検証を超えて個人の人格攻撃やスキャンダリズムに終始したメディアの過熱ぶりです。STAP細胞 笹井芳樹 関係を巡っては、一部の週刊誌やワイドショーが小保方氏との「特別な関係性」や「寵愛」を面白おかしく書き立てました。
しかし、現場の研究者たちの証言や客観的証拠を精査すると、二人の関係は「野心的な若手研究者」と「画期的なアイデアに魅了され、論文を成立させようとした一流の指導者」という学術的な師弟関係の枠を出るものではありませんでした。STAP細胞 記者会見 笹井氏の登壇時（2014年4月16日）、彼は約3時間にわたり理路整然と質疑応答に応じました。「STAP現象は有望な作業仮説である」と冷静に学術的見解を述べる一方で、自身の監督責任については深々と頭を下げて謝罪しています。
この会見の裏で、理研上層部は「特定国立研究開発法人」への指定を巡る政治的思惑から、CDB全体の解体や予算削減の危機に直面していました。理研の改革委員会が「CDBの解体的出直し」を提言したことで、笹井氏は自らが心血を注いで築き上げた世界最先端の研究拠点が消滅する恐怖と、同僚や後輩研究者たちの居場所を奪ってしまう罪悪感に苛まれることになりました。
