結論から明かすと、Instagramの「ストーリーズとライブを非表示にする」設定を適用した相手に対しては、過去に作成したすべてのハイライトが完全に非表示になります。ハイライトはそもそも過去のストーリーズをアーカイブから保存・公開している仕組みであるため、ストーリーズの閲覧権限を剥奪されたアカウントからは、ハイライト自体が存在しない状態に見える仕様です。
設定を行った瞬間に、相手があなたのプロフィール画面を開いても、アイコン下に並んでいた丸いハイライト一覧が跡形もなく消え去ります。フィード投稿やリール動画は通常通り閲覧できるにもかかわらず、ハイライトの列だけがごっそり抜け落ちるため、相手から見ると非常に違和感のある画面構成になります。
なお、この仕様は一方的な非表示設定によるものです。相手側に「非表示に設定されました」という通知が直接届くことはありません。しかし、画面上の表示変化があまりにも極端であるため、機能の仕組みを少しでも知っているユーザーであれば、何らかの閲覧制限がかけられたことを瞬時に察知する設計となっています。