インターネット上やファンの間では長年、「飛天御剣流には実在の流派モデルが存在するのではないか」という議論が続いてきました。新選組の天然理心流や、幕末四大人斬りの一人・河上彦斎が使ったとされる片手抜刀術（我流の玄武館・北辰一刀流や神道無念流の変形）などが引き合いに出されることがあります。
作者の和月伸宏氏の証言や公式ガイドブックの記述によると、飛天御剣流の技術体系そのものは特定の古流柔術や居合術をそのまま模倣したものではなく、漫画的ダイナミズムを追求した完全なオリジナルです。ただし、抜刀術の思想的背景には河上彦斎の研ぎ澄まされた片手抜刀の鋭利さや、幕末の動乱期に実在した無名剣客たちのリアリズムが色濃く反映されています。
また、流派の継承者に関しては、初代比古清十郎が戦国時代に創始して以来、一子相伝ではなく「最も強き者」に名前と白外套を受け継がせる形で十四代にわたり命脈を保ってきました。剣心自身は十四代目の継承を正式には辞退し、自らの代で飛天御剣流を完全に終わらせる道を選択しましたが、その思想と魂は次の世代へと異なる形で受け継がれていくことになります。
