学園には進路段階に応じた2つの課程が用意されています。中学卒業生を対象とする3年課程のトヨタ工業学園高等部は、科学技術学園高等学校との技能連携制度を採用しています。工業の専門技術・技能訓練と並行して普通科高校の履修科目も修めるため、卒業時には正規の高卒資格を取得可能です。
一方、高校を卒業した若者を対象とする1年課程がトヨタ工業学園専門部です。こちらは実践的な高度技能者の短期育成を主眼に置いており、機械加工、電子制御、保全技術など現場直結の濃密なカリキュラムが組まれています。普通高校出身者だけでなく工業高校出身者も多く集まり、互いに切磋琢磨しながらプロフェッショナルの基礎を徹底的に叩き込みます。