那覇第2地方合同庁舎1号館の最大の特徴は、国の各省庁の出先機関を統合した内閣府沖縄総合事務局の大部分が拠点を置いている点にあります。一般の都道府県では別々の庁舎に分かれている経済産業、農林水産、開発建設（国土交通）、財務などの各部局が1つのビル内に集約されています。
1号館における主な入居機関・担当フロアの目安は以下の通りです。
・総務部・財務部：国有財産の管理や地域金融関連の相談窓口
・経済産業部：中小企業支援、商業・エネルギー政策、知的財産相談
・農林水産部：農業振興、食品表示、農畜水産物の流通・助成金関連
・開発建設部：道路・河川・港湾整備などの公共インフラ関連窓口
・運輸部（一部業務）：陸運・海事関連の企画や調整窓口
各部局の専門窓口では、許認可申請や補助金相談が日常的に行われています。手続き内容によっては担当係への事前予約が必要となる場合があるため、来庁前に沖縄総合事務局の公式案内で担当係を確認しておくと手続きがスムーズです。
