「長期間にわたる治療で、莫大な費用がかかるのではないか」という経済的不安を抱く親御さんも少なくありません。しかし、日本国内における口唇口蓋裂の治療は、原則として健康保険および公的助成制度の対象となっています。
国が定める指定自立支援医療機関で治療を受ける場合、「自立支援医療（育成医療）」が適用されます。これにより、18歳未満の手術費や入院費の自己負担分が原則1割となり、さらに世帯の所得状況に応じた月額自己負担上限額が設定されます。自治体独自の乳幼児医療費助成と組み合わせることで、実際の窓口負担が実質無料、あるいは極めて少額に抑えられる地域がほとんどです。
通常は自由診療となる歯列矯正に関しても、口唇口蓋裂に起因する不正咬合であれば健康保険が適用されます。経済的な理由で必要な医療が受けられない事態を防ぐセーフティネットは強固に整備されています。
