UAさんと村上淳さんは1996年に結婚し、サブカルチャー全盛期のカリスマカップルとして大きな脚光を浴びました。しかし、結婚生活は約10年でピリオドを迎えます。2006年9月、虹郎さんが9歳（小学校3年生）のときに両親は協議離婚を発表しました。
離婚の直接的な引き金について、当時の一部報道では互いの多忙によるすれ違いや、芸術家肌同士の激しい感性のぶつかり合いが指摘されました。しかし、後に村上淳さん自身が語ったところによると、憎み合っての破局ではなく「お互いが自分らしく生き、子どもにとって最善の環境を維持するための前向きな選択」であったとされています。親権は母であるUAさんが持ちましたが、父・村上淳さんとの交流が途絶えることはなく、関係性は極めて良好に保たれ続けました。
とはいえ、感受性豊かな少年期において、両親の離婚と母の再婚は大きな精神的負荷を与えました。かつてテレビ番組の密着インタビューや映画の舞台挨拶で、虹郎さんは「有名人である両親の看板が重荷で、一時期は両親の存在そのものを恨んだこともあった」と率直に吐露しています。どこへ行っても「UAの息子」「村上淳の息子」という好奇の目に晒され、普通の家庭とは異なるライフスタイルを強いられることへの怒りと反発は、思春期の彼を激しく揺さぶりました。
