砂むし温泉は天然の地熱を利用しているため、機械的に温度が均一化されたサウナとは本質的に異なります。砂の温度は場所や深さ、潮の満ち引きによって変動し、時には局所的に50℃以上に達することもあります。そのため、入浴にあたっては重大な危険性を伴うことを認識しなければなりません。
最も警戒すべきトラブルの一つが低温やけどです。砂の温度が45℃〜50℃程度であっても、同じ部位が圧迫された状態で10分以上接触し続けると、皮膚の深部に熱が達して水ぶくれや組織障害を引き起こします。特に注意すべきは「かかと」「背中」「臀部（お尻）」などの荷重が集中する骨の突出部です。砂の中で「局所的にチクチクするような熱さ」を感じた場合、それは我慢すべき熱さではなく、皮膚が危険信号を発しているサインです。直ちに足を動かして砂を崩し、空気を入れなければなりません。
また、循環器系への負担も無視できません。砂圧によって血液が一気に心臓へと押し戻されるため、高血圧、心臓病、不整脈、動脈硬化などの基礎疾患を持つ方にとっては、心臓への過度な前負荷となり危険を伴います。妊娠中の方に関しても、急激な腹圧の上昇と体温上昇が胎児に影響を及ぼす恐れがあるため禁忌とされています。
さらに、短時間で500mlから1リットル近くの発汗が生じるため、入浴前の水分補給を怠ると、急激な血液濃縮による脱水症状や、砂から立ち上がった瞬間に脳貧血（起立性低血圧）を起こして転倒する事故が発生します。「入浴前後のコップ1杯ずつの水分補給」と「上がるときは絶対に急に立ち上がらず、砂の上で一呼吸置く」という2つの鉄則を厳守してください。
