ピースワンコ・ジャパンをめぐる批判の核心は、理念と現場キャパシティの致命的な乖離にある。引き取り数を優先するあまり、保護頭数が急膨張し、犬舎内での過密飼育が深刻化した。現場では犬同士の激しい闘争による死傷事故が相次ぎ、一部の元スタッフや獣医師からは「生かすことだけを目的にした劣悪な環境」と厳しい告発がなされた。
さらに世間に衝撃を与えたのが、狂犬病予防法で義務付けられている予防接種の未接種問題だ。法治国家において動物保護を主導する団体が、公衆衛生上の初歩的義務を長期間怠っていた事実は、単なる運営の不手際では済まされない。救済という大義名分の影で、現場の管理機能が麻痺していた実態が次々と露呈した。