『らじらー!サンデー』を語る上で欠かせないのが、番組の屋台骨を支えてきた歴代MCの交代劇です。初代アシスタントMCを務めた中元日芽香(元乃木坂46)は、「ひめたんびーむ」をはじめとする天真爛漫なキャラクターで番組の基礎を築き上げました。彼女の卒業後、2代目としてマイクを受け継いだのが井上小百合、続いて3代目・大園桃子、4代目・早川聖来、そして5代目・川﨑桜へとタスキがつながれてきました。
ファンの間では「なぜこれほど定期的にMCが交代するのか」という疑問の声も上がりますが、その決定的な理由はメンバーのグループ卒業や次世代エースへの育成・バトンタッチにあります。NHKの生放送という大舞台で瞬発力やアドリブ力を鍛えられる『らじらー!サンデー』は、乃木坂46にとってまさに「トークの登竜門」。歴代MCたちはこの番組を通じて大きく飛躍し、惜しまれつつも次の世代へとその役割を託してきました。
また、2021年にオリエンタルラジオの中田敦彦が番組を離れた際も様々な憶測を呼びましたが、本人の活動拠点の変化や新たなキャリア形成に伴う円満な卒業であり、以降は藤森慎吾が単独メインMCとして番組の温かい空気感を守り続けています。