長年にわたり語り継がれてきた「エリア51における宇宙人・UFO隠蔽疑惑」ですが、公開された公的資料および軍事アナリストの調査を総合すると、地球外生命体そのものが基地内に存在する客観的証拠は確認されていません。しかし、なぜこれほど強固な疑惑が定着したのかといえば、そこには意図的な軍事防諜（デセプション）と、冷戦下の極秘航空機開発が深く関わっています。
1950年代以降、ネバダ州 極秘軍事基地（グルーム・レイク周辺）では、U-2高高度偵察機やSR-71ブラックバード、F-117ステルス戦闘機など、当時の常識を覆す飛行特性と形状を持った機体の試験飛行が昼夜を問わず繰り返されていました。当時、一般の旅客機が高度3,000〜6,000メートルを飛行していた時代に、高度20,000メートル以上を飛行し、夕日を反射して白銀に輝くU-2の機影は、民間パイロットや地上住民から見ればまさに「未確認飛行物体（UFO）」そのものに見えたのです。
CIAの機密解除文書によれば、1950年代から1960年代半ばに報告されたUFO目撃情報の半分以上が、実はこれら極秘偵察機の飛行テストであったことが判明しています。米軍側もソビエト連邦に対する最高機密を守るため、民間がUFOと誤認して騒ぎ立てる状況をあえて完全に否定せず、カモフラージュとして利用した側面がありました。
