カフアシストは単に痰が出にくいという主観だけで処方されるものではなく、厳密な呼吸機能評価に基づいて適応が判断されます。その極めて重要な指標となる客観的数値が、ピークフローメーター等を用いて測定される最大咳流量PCF（Peak Cough Flow）です。
健康な成人の場合、最大咳流量PCFは通常360〜400 L/min以上を示します。しかし、呼吸筋の脱力や球麻痺症状が進行するとこの数値は低下します。臨床ガイドライン上、PCFが270 L/min未満に低下すると、上気道感染や感冒を契機に分泌物を自力で喀出できなくなり、肺炎を引き起こすハイリスク群とみなされます。さらに病状が進行して160 L/min未満にまで落ち込むと、平時であっても自力排痰がほぼ完全に不可能な状態となり、機械的な介入が生命維持の必須条件となります。
この数値基準を背景に、カフアシストALS適応は神経難病領域で広く確立されてきました。筋萎縮性側索硬化症（ALS）のほか、筋ジストロフィー、脊髄性筋萎縮症（SMA）、頸髄損傷に伴う四肢麻痺など、自律呼吸筋や呼気筋が選択的に障害される疾患が主な対象です。特にALSの進行過程では、まだ非侵襲的陽圧換気（NIV）を導入していない早期であっても、PCFが270 L/minを割り込んだ段階からカフアシストを併用して肺の柔軟性（コンプライアンス）を維持する「肺理学療法のプレコンディショニング」が推奨されています。
公的医療保険の枠組みにおいて、在宅療養でカフアシストを使用する際の要件は明確に定められています。診療報酬上、カフアシスト保険適用条件は「在宅人工呼吸指導管理料」の対象患者、あるいは「在宅患者機械的排痰指導管理料」の算定要件を満たす必要があります。具体的には、神経筋疾患や呼吸不全により自力排痰が困難であると医師が診断し、在宅での継続的な排痰管理が必要と認められたケースです。
気になる在宅カフアシスト費用ですが、機器自体は医療機関から貸与（レンタル）される形式をとるため、数十万円から百万円を超える機械本体を自費で購入する必要はありません。健康保険適用時の自己負担割合（1〜3割）に応じて月額数千円から1万数千円程度の指導管理料負担が発生しますが、ALSなどの指定難病患者であれば「特定医療費（指定難病）受給者証」が適用されます。これにより、所得階層ごとに設定された月額自己負担上限額（例えば一般所得層であれば月額5,000円〜10,000円など）の範囲内にすべての医療費が収まるため、経済的な障壁は極めて低く抑えられています。
