社伝によれば、神社の起源は景行天皇の時代、日本武尊（ヤマトタケルノミコト）が東征の折に富士山を遥拝したことに遡る。延暦年間（788年）には富士山の噴火を鎮めるため、甲斐守・紀豊庭によって現在の地に社殿が建立された。
戦国から江戸の激動期、この社に深く帰依したのが名だたる武将たちだ。武田信玄が戦勝祈願を行った記録が残るほか、特に江戸幕府を開いた徳川家康は社殿の修復や領地の寄進を行い、神社の基盤を固める大きな後ろ盾となった。現在見られる本殿や拝殿の豪壮華麗な装飾には、徳川期の建築美が色濃く残る。
近年では、歴史文化ドキュメンタリーやNHKオンデマンドの教養番組でその建築意匠や修復事業が取り上げられ、Google Arts & Cultureの高精細デジタルアーカイブを通じても世界中にその貴重な文化遺産が発信されている。
