ダン・ブラウンの世界的ベストセラー小説『ダ・ヴィンチ・コード』によって、日本でも一躍有名になったのが「ヨハネ＝マグダラのマリア説」です。作中では、キリストの左隣（向かって右隣）に座る人物が女性的な容姿をしており、二人の身体の隙間に「V字（聖杯＝女性原理）」が形成されていることから、この人物は使徒ヨハネではなくキリストの妻であったマグダラのマリアだと主張されました。
しかし、ルネサンス美術史の専門家および当時の図像学の観点から検証すると、この説は完全なフィクションであることが明白です。
当時のフィレンツェを中心とするトスカーナ地方の絵画において、最年少の使徒であったヨハネは、髭のない優美で中性的な美青年として描くのが確立された伝統様式でした。フラ・アンジェリコやドメニコ・ギルランダイオ、ボッティチェリなどの同時代作品を見ても、ヨハネは一様に女性と見紛うばかりの繊細な容貌で描かれています。ダ・ヴィンチだけが意図的に女性を描いたわけではありません。
さらに、もしこの人物がマグダラのマリアだとすれば、「12使徒のうち誰か1人が消えて11人になってしまう」という致命的な矛盾が生じます。聖書の重要な場面において、12使徒の一角を成すヨハネを排除して部外者を描くことは、依頼主である修道院および教会の厳格なドグマ（教義）に反し、当時は絶対に許されない背教行為でした。
また、ネット上で囁かれる「パンと手の配置が五線譜になっており音楽が奏でられる」「中央のキリストとヨハネの服の配色が反転しているのは隠された婚姻のサイン」といった都市伝説も、後世の鑑賞者がダ・ヴィンチの天才性に幻惑されて生み出したアポフェニア（無関係なデータに規則性を見出す認知現象）の産物であると結論付けられています。
