エーゲ海を深く理解する上で欠かせないのが、重層的な歴史と領有権をめぐる地政学的背景です。紀元前3000年頃に栄えたミノア文明やキクラデス文明、それに続く古代ギリシャ文明の遺跡群は、現在もデロス島やクレタ島など各所に世界遺産として残されています。
一方で、近現代のギリシャ共和国とトルコ共和国の間には、複雑な領有権の経緯が存在します。19世紀のギリシャ独立戦争、そして第一次世界大戦後のローザンヌ条約（1923年）およびパリ条約（1947年）によって現在の国境線が確定しました。これにより、トルコ本土の目と鼻の先にあるロードス島、サモス島、レスボス島などがギリシャ領となりました。
現在でも領海幅（6海里から12海里への拡張問題）や大陸棚の資源開発権、領空設定をめぐって外交的な摩擦が生じることがあります。しかし、両国首脳会談の継続やNATO加盟国同士としての枠組みにより、日常的な観光航路（トルコ・ギリシャ間のフェリー運航など）は極めて安定して運用されています。
