「三種の神器の本物はどこにあるのか」という疑問は、多くの歴史ファンや国民の関心を集め続けています。宮内庁の記録および神道儀礼の伝統に基づくと、神器は本体と「形代（かたしろ・分霊を宿した複製品）」に分かれ、それぞれ異なる聖域に奉安されています。
現在における各神器の奉安場所の内訳は以下の通りです。
八咫鏡（本体：伊勢神宮 内宮 / 形代：皇居 賢所）
本体は三重県伊勢市の伊勢神宮皇大神宮（内宮）のご神体として最深部に祀られています。一方、皇居の宮中三殿の一つである賢所（かしこどころ）には形代が奉安され、毎日の神事や皇室の祭祀が執り行われています。
草薙剣（本体：熱田神宮 / 形代：皇居 剣璽の間）
本体は愛知県名古屋市の熱田神宮に鎮座しています。神話ではスサノオノミコトが八岐大蛇（ヤマタノオロチ）を退治した際にその尾から現れた「天叢雲剣（あめのむらくものつるぎ）」とされ、後にヤマトタケルノミコトの東征を経て熱田の地に祀られました。皇居内の「剣璽の間（けんじのま）」には、天皇の身近に置かれる形代が納められています。
八尺瓊勾玉（本体：皇居 剣璽の間）
三種の神器の中で唯一、神代からの本体そのものが皇居内の「剣璽の間」に安置されていると伝えられています。天皇の寝所に隣接するこの空間で、草薙剣の形代とともに厳重に守られています。
天皇陛下ご自身であっても神器の御覆い布を外して中身を直視することは禁忌とされており、宮内庁の祭祀職員を含め、現代においてその姿を目撃した者は存在しません。視覚的な実体ではなく「目に見えない神聖性」を継承し続ける点に、日本古来の信仰の独自性が見て取れます。
