当館の心臓部といえるのが、地下1,700メートルから毎分340リットル規模で汲み上げられる自家源泉です。泉質は「含ヨウ素-ナトリウム-塩化物強塩温泉」。太古の海水が閉じ込められた化石海水と呼ばれる琥珀色の湯は、高い保温・保湿効果を誇ります。浸かるだけで皮膚表面に塩分の被膜が形成され、冷えを防止すると同時に、パーク内で2万歩以上歩いて酷使した下半身の筋肉疲労をじんわりと解きほぐしていきます。
そして温浴ファンを熱狂させているのが、舞浜ユーラシア ケロサウナの存在です。サウナの本場フィンランドで「木材の宝石」と称される希少な立ち枯れパイン材「ケロ」を惜しみなく使用したログハウスサウナは、国内でも数えるほどしかありません。一般的なドライサウナ特有の肌を刺すような熱気がなく、木の芳醇な香りと柔らかな熱気が身体の深部まで浸透します。露天エリアには水風呂と豊富な外気浴スペースが用意されており、東京湾の潮風を浴びながら体験する「ととのい」は、一般的なシティホテルでは絶対に味わえない体験です。
宿泊を伴わない利用者向けの舞浜ユーラシア 日帰り温泉料金は、平日2,200円前後、土日祝日2,700円前後（バスタオル・館内着込み）に設定されており、パーク帰りのクイックな入浴利用でも十分に元が取れる設計となっています。
