ゆで太郎を語る上で欠かせないのが、季節ごとに店頭で配布される「無料クーポン券」の存在です。このクーポンは「海老天」「かき揚げ」「コロッケ」「生たまご」「わかめ」「大盛無料」などの無料引換券が綴りになったもので、朝食メニューに対しても制限なく併用可能です。
例えば、「朝そば」を注文して「大盛券」を使えば、通常価格のまま麺を1.5倍に増量できます。また、「焼鯖ごはん 朝セット」に「コロッケ」や「海老天」のクーポンを組み合わせれば、わずか500円前後の支払いで豪華絢爛な朝定食へとグレードアップさせることができます。
さらに店頭には、天かす（揚げ玉）、紅生姜、すりごま、ゆず粉、自家製調味料「赤鬼」などが置かれた充実の薬味コーナーがあり、これらはすべて無料で利用可能です。自分好みの味付けにアレンジできる点もゆで太郎の大きな魅力と言えます。
なお、テイクアウト（お持ち帰り）に関しては注意が必要です。ゆで太郎では通常のそばや丼ものの多くが持ち帰り可能ですが、一部の生卵を使用する朝メニューやセット類は、衛生管理上の理由からテイクアウト不可または店内飲食限定となっている場合があります。持ち帰り希望の際は、券売機や店頭のテイクアウトボタンで対応状況を確認することをおすすめします。
