保護者にとって重要な判断材料となるのが費用面です。国際基督教大学高等学校の初年度納入金は約130万〜140万円（入学金、授業料、施設設備費等）となっており、都内私立高校の平均値（約100万円〜110万円）と比べるとやや高めの水準です。これに加えて教材費や国際交流プログラムの費用が発生します。
また、世界各国や日本全国から入学する生徒のために、キャンパス敷地内に男女別の生徒寮が完備されています。寮生活にかかる費用は月額約10万円〜12万円（食費・光熱費込）程度で、異文化交流を日常レベルで体験できる貴重なコミュニティとして機能しています。保護者の海外赴任中であっても安心して通学させられる受入体制が整っています。
