手軽さが強調されがちな尿スクリーニングですが、見逃してはならない尿がん検査のデメリットが2点存在します。それが「偽陽性（実際にはがんがないのに陽性と出ること）」と「偽陰性（がんがあるのに見逃されること）」の存在です。
特に問題となりやすいのが尿がん検査で陽性が出たその後の行動です。検査キットで高リスク（陽性）と判定された場合、確定診断を受けるために医療機関で胃カメラ、大腸内視鏡、CT、MRIなどの精密検査を受ける必要があります。
ここで注意すべきは、スクリーニング検査で陽性が出たという理由だけでは、確定診断のための精密検査も保険適用にならず自由診療扱いを求められる医療機関がある点です。また、N-NOSEのように部位が特定できない検査の場合、全身の精密検査を自費で網羅しようとすると、結果的に10万円以上の追加出費と長期間の通院が発生し、強い精神的ストレスを抱え込むケースも報告されています。
さらに、「低リスク（陰性）」と判定されたことで安心しきってしまい、自治体や職場の定期健診をサボってしまうことも極めて危険です。検査の限界値を把握し、過信しない姿勢が求められます。
