国道九四フェリーが航行する豊予海峡は、瀬戸内海と太平洋（豊後水道）が交わる海域であり、潮流が速いことで知られています。しかし、航路自体が短距離かつ内海寄りに位置しているため、大型の長距離フェリーと比べても就航率は極めて高く、年間を通じて安定した運航を維持しています。
主な欠航の理由となるのは、台風の直撃接近、発達した低気圧に伴う強風・高波、そして春先や梅雨時期の濃霧による視界不良です。風速が基準値を超えると安全確保のために見合わせや間引き運転が行われます。天候が怪しい日は、港へ出発する前に公式サイトの「リアルタイム運航状況」や公式X（旧Twitter）の発信情報を必ず確認してください。万が一の欠航が決まった場合は、速やかに陸路ルートへの切り替え判断を行う決断力が求められます。
