保健所の綿密な疫学調査によって判明した岐阜県流しそうめん食中毒の直接的原因は、そうめんを流す水や調理、つゆの希釈に使用されていた「未消毒の湧水」から検出されたノロウイルスでした。
事件前、店舗周辺では記録的な大雨が観測されていました。山間部の表流水や土壌に存在していたウイルスが雨水とともに湧水ルートへと浸透し、水質が一時的に著しく悪化したと考えられています。さらに決定打となったのは、水道法や食品衛生法に基づく塩素消毒設備や定期的な水質検査の不備でした。「天然の湧き水＝清らかで安全」という過信と慣習的な運用が、惨事を招く要因となってしまったのです。
当時、SNSや掲示板などのネットの反応と真相をめぐっては、「誰かが上流で汚染したのではないか」「井戸水なら大丈夫だったのか」といった憶測やデマが飛び交いました。しかし保健所の調査報告では、人為的な意図的混入ではなく、自然界における野生動物の糞尿や環境中に滞留していたウイルスが豪雨によって水源へ流れ込んだ自然由来の汚染であると結論付けられています。
この事故を契機に、岐阜県および厚生労働省は全国の飲食店に対し、未殺菌の湧水・地下水をそのまま食品提供に使用することを事実上禁止し、紫外線殺菌装置や残留塩素濃度の常時監視を義務付ける抜本的な衛生基準改定を実施しました。
