悠久の丘には、人間用の火葬施設とは動線が完全に分離された「小動物火葬施設」が併設されており、愛犬・愛猫などのペット火葬にも対応しています。民間のペット霊園と比較して非常に良心的な料金設定となっているため、多くの飼い主が利用しています。
ペット火葬の料金は、ペットの重量区分および管内・管外の居住地によって定められており、管内住民であれば数千円台（小型動物の場合2,000円〜4,000円程度）から受け入れが行われています。ただし、公営施設ゆえに以下のルールが厳格に定められています。
持ち込み時は、段ボール箱や専用の棺に納める必要があり、首輪やプラスチック製のおもちゃ、毛布など燃焼を妨げる副葬品の持ち込みは固く禁じられています。また、合同火葬と個別火葬の運用区分、遺骨の返還（お骨上げ）の可否や受け入れ時間については事前予約制となっている場合が多いため、搬入前に必ず管理事務所または市町の担当窓口へ確認を取ることが推奨されます。
