連続ドラマからスペシャルドラマ『翔』『零』、そして映画『劇場版 SPEC〜天〜』『劇場版 SPEC〜結〜（漸ノ篇／爻ノ篇）』へと進むにつれ、物語は世界規模の終末論へとスケールアップしていきました。その過程で描かれた主要キャラクターの壮絶な死と裏設定は、現在もファンの間で熱く議論されています。
最も涙を誘ったのは、野々村係長の最期です。『結』において、人類の滅亡を企む先人類の意志に立ち向かい、遺書を遺して自らの命を捧げるシーンはシリーズ屈指の名場面となりました。また、美鈴や冷泉、津田のオリジナル体など、強大な能力を持っていたキャラクターたちも時代の激流の中で次々と命を落としていきます。
そして最大の核心であった当麻とニノマエの実の姉弟関係（当麻陽太）。飛行機事故で両親を失った過去、地居によって改ざんされていた記憶、そして当麻自身が「死者のSPECホルダーを呼び出す能力」を持っていたという事実。最終的に当麻は全SPECホルダーの霊を自らの肉体に封じ込め、世界を救うために瀬文の手によって現世から消滅するという、究極の自己犠牲を選びました。
