両者の決定的な差は「契約形態」にある。一般的な専任教授が定年までの終身雇用に近い身分保障を持つのに対し、特任教授は多くの場合、1年〜5年程度の有期雇用契約を結んでいる。
給与体系の幅広さも大きな特徴だ。大学の固定給与表に基づく通常の教授に対し、特任教授は獲得した外部研究費や特定のプロジェクト予算から年俸制で支払われるケースが大半を占める。年収は300万円台の非常勤に近い待遇から、卓越した成果を挙げるトップランナーに1,500万円以上の高額年俸が提示されるケースまで様々だ。さらに、授業を担当せず研究に専念する「特任研究教授」や、逆に実務教育に特化するタイプなど、職務の柔軟性がきわめて高い。