ネット検索で常に高い関心を集めるのが「清水尋也の歴代彼女」に関する疑惑です。ミステリアスで中性的な色気を纏う彼だけに、共演者とのロマンスが幾度となく取り沙汰されてきました。
これまで噂になった主な女性には、映画『渇き。』で衝撃的な共演を果たした小松菜奈や、映画『ミスミソウ』で壮絶な物語を紡いだ山田杏奈、ドラマ共演のあった広瀬すずなどの名前が挙げられます。しかし、これらは卓越した演技によって醸し出された役柄上のケミストリーが視聴者の妄想を刺激したに過ぎず、週刊誌の張り込みや決定的なツーショット写真が撮影された事実は一度もありません。
関係者の証言によれば、私生活での彼は「役柄の狂気とは対照的に、礼儀正しくシャイなインドア派」。休日は自宅で映画鑑賞やゲーム、音楽鑑賞に没頭することが多く、派手な交遊録を好むタイプではなかったとされています。それだけに、ネット上で囁かれる「奔放な恋愛遍歴」はパブリックイメージが生んだ虚像であり、孤独なクリエイティビティを内に溜め込む性格であったことが窺えます。