オウム真理教において、教祖・麻原彰晃（本名・松本智津夫）と村井秀夫氏の関係は極めて特別でした。麻原は村井氏の理系頭脳を絶賛し、「マンジュシュリー・ミトラ」というホーリーネームを与え、事実上の教団ナンバー2として全幅の信頼を寄せていました。
村井氏はその高い知性と科学的知識を、教団の「ハルマゲドン（終末戦争）」に向けた狂気の武装化へと惜しみなく注ぎ込みました。山梨県上九一色村のサティアン群において、以下の極秘プロジェクトを総指揮していたとされています。
・化学兵器サリンの大量生成プラント（第7サティアン）の設計および建設統括
・サリン自動噴霧車や散布装置の設計・開発
・旧ソ連製自動小銃「AK-74」の密造計画および試作銃の製造
・旧ソ連軍用ヘリコプター「ミル17」の購入と毒ガス散布構想
・炭疽菌やボツリヌス菌を用いた生物兵器の開発指揮
松本サリン事件、地下鉄サリン事件、坂本堤弁護士一家殺害事件など、教団が引き起こした数々の凶悪犯罪の謀議や実行において、村井氏は常に中核として関与していました。麻原の妄想を具現化する「実行部隊の頭脳」として、教団の凶行を技術面から支え続けた張本人だったのです。
