捜査二課が実際に手がける職務は、大きく分けると4つの領域に分類されます。いずれも「金」と「権力」の不正な結びつきを断ち切るための専門的な業務です。
1. 汚職事件の摘発（贈収賄捜査）
捜査二課の看板とも言えるのが、公務員と民間企業の間で交わされる賄賂の摘発です。公共事業の入札便宜、開発許可の見返りとして渡される現金、飲食接待、裏金口座の存在を暴き出します。公共工事の落札率が不自然に高いデータを分析し、関係者の接触履歴を何カ月も監視して賄賂授受の決定的瞬間を押さえます。
2. 企業犯罪・横領・背任
上場企業や金融機関で発生する巨額の資金横領、粉飾決算、特別背任の捜査です。複雑なダミー会社を経由した資金洗浄（マネーロンダリング）や、デジタルフォレンジックによる改ざんデータの復元を駆使し、企業の不正経理を裏付けます。財務諸表を読み解く能力がなければ、犯罪の立証すらできません。
3. 詐欺事件の捜査手法
従来の地面師事件や投資詐欺に加え、広域強盗や匿名・流動型犯罪グループ（トクリュウ）が関与する特殊詐欺の摘発も二課の重要任務です。詐欺事件の捜査手法は「受け子」や「出し子」の摘発にとどまらず、暗号資産のウォレット追跡や海外サーバーの通信解析を行い、組織の上層部（指示役）を割り出す「突き上げ捜査」が基本となります。
4. 選挙違反の取締り
衆議院・参議院議員選挙や統一地方選挙のたびに、捜査二課は特別捜査本部を立ち上げます。買収工作、戸別訪問、供応接待といった公職選挙法違反を厳格に取り締まります。陣営幹部が配布した「陣中見舞い」という名目の現金の出どころを辿り、政治家の関与を浮き彫りにしていきます。
