産み分けゼリーの仕組みを理解するには、まず精子の性質から把握する必要がある。人間の性別は、卵子と受精する精子がX染色体（女の子）を持つか、Y染色体（男の子）を持つかによって決定される。そして、この二種類の精子は膣内の酸性度（pH）に対して異なる反応を示すことが、複数の生殖医学的知見から示されている。
妊活情報サイト「ベビーライフ研究所」の解説によると、産み分けゼリーとは「膣内環境の酸性・アルカリ性を人為的にコントロールすることで赤ちゃんの性別を決める性染色体に働きかけ、産み分けを目指す仕組み」とされている。具体的には以下のメカニズムが働く。
X精子（女の子）は酸性環境に比較的強く、動きは遅いが生存時間が長い。一方、Y精子（男の子）はアルカリ性環境で活性化するが、酸性には弱く短命だ。通常、健康な女性の膣内はpH3.8〜4.5程度の弱酸性に保たれている。産み分けゼリーはこの自然な環境を意図的に操作するツールとして設計されたものだ。
助産師による比較検証を掲載している「子授かりネットワーク」では、ジュンビー、コダカラゼリー、ベイビーサポート、Baby Switchといった主要製品のpH値を実測し、各製品の特性差を可視化している。こうした第三者的なpH検証データの存在が、産み分けゼリー市場全体の信頼性底上げにも寄与している。
