中学校生活において、放課後の部活動は人間関係の構築や体力づくりにおいて欠かせない柱です。水谷中学校における部活動の実績と種類は、生徒数規模に適したバランスの良いラインナップが保たれています。
運動部では陸上競技部、男子・女子バスケットボール部、卓球部、野球部、ソフトテニス部などが活動を展開しています。特に陸上競技や卓球など個人種目では、富士見市・入間郡の地区予選を突破し、県大会へ駒を進める選手を定期的に輩出してきました。体育館やグラウンドは十分な広さが確保されており、練習環境における物理的制約は少ないといえます。
文化部では、吹奏楽部や美術部、パソコン部などが活発です。吹奏楽部は地域イベントや学校行事での演奏を通じて地元住民との交流を深めており、コンクール入賞を目指すだけでなく「地域に愛される音楽」を実践しています。文科省および県教委が推進する地域移行ガイドラインに沿い、休日の活動日数の適正化や民間指導員の活用が進められている点も、教員の過重労働を防ぎつつ指導の質を担保する現代的なアプローチです。
なお、地域の歴史を紐解くと、出身有名人と経歴としてプロスポーツ界で活躍したアスリートや、地元に根ざして実業界・文化活動で貢献する卒業生が数多く存在します。先輩たちの活躍は、今を生きる生徒たちにとって確かな刺激となっています。