土浦日大の教育体制は、明確なターゲット設定に基づいたコース制が敷かれています。入試難易度を示す偏差値もコースによって大きく異なり、入学後のカリキュラムや進路指導の方向性もまったく別物と言っても過言ではありません。
最上位に位置するSH(スーパーハイクラス)コースは、東大・京大・東工大・一橋大などの最難関国立大学や国公立大医学部を目指す特化クラスです。偏差値はおよそ67前後と県内私立トップクラスの数値を誇り、公立トップ校である土浦第一高校や竹園高校の併願先としても定着しています。
続いて、筑波大学や千葉大学などの難関国公立大、および早慶上理・GMARCHを目指す特進コース(特進選抜・特進)は偏差値60〜64程度。そして、日本大学への進学を主軸に据えつつ私立大学文系・理系を目指す進学コースは偏差値52〜55程度となっています。また、中高一貫教育を展開する系列の土浦日本大学中等教育学校とは別募集・別校舎運用が基本であり、高校単独での募集規模が非常に大きいことも特徴です。