サークル活動や大会開催などで専用利用（団体貸切）を行う場合、沖縄市営体育館の予約方法はデジタル化された専用窓口を通す形が基本となります。沖縄市が運用する沖縄市 公共施設予約システムのアカウントを作成することで、オンライン上から24時間いつでも空き状況の照会や仮予約が可能です。
予約フローは大きく「事前利用者登録」「抽選申し込み」「空き枠先着予約」の3段階に分かれています。
市内在住・在勤者が所属する団体には優先的な抽選枠が割り振られ、毎月所定の期間内に翌月以降の希望日時をエントリーします。抽選終了後に残った空きコマは、市外登録者を含めた先着順で開放される仕組みです。沖縄市体育館の空き状況は同システム上でリアルタイムに色分け表示されるため、狙い目の平日の昼間枠やキャンセル枠を素早く押さえることが可能です。
