ホテルまほろばのもう一つの強みは、地下1階と地下2階に広がる巨大な温泉大浴場です。登別特有の硫黄泉をはじめ、食塩泉、単純硫黄泉、酸性鉄泉の4種類の泉質を引き湯しており、男女入れ替え制によって合計31種類もの浴槽を巡ることができます。
露天風呂には打たせ湯や檜風呂、すべり台付きのファミリースパエリアまで整備されており、温泉テーマパークと呼ぶにふさわしい充実度を誇ります。硫黄の香りが立ち込める乳白色の濁り湯は肌触りが滑らかで、保温・美肌効果に対する宿泊客の評価も揺るぎません。
なお、外来利用を検討している旅行者にとって気になるのが登別温泉まほろば日帰り入浴料金です。時期やメンテナンス状況によって受け入れ条件が変動するため事前の確認が必須となりますが、一般的な登別の立ち寄り湯相場（大人2,000円前後）と同等の設定で、広大な湯処を短時間でも堪能できるコストパフォーマンスの高さが評価されています。
