高い評価を得ている港島学園ですが、入学や転校を検討するにあたっては、事前に把握しておくべき固有の注意点が存在します。
第一の盲点は、「人間関係の固定化」に伴うリスクです。9年間同じ集団で過ごすことは強固な安心感を生む反面、途中で友人関係のトラブルや心理的な摩擦が生じた場合、クラス替えの母数が限られるため環境のリセットが難しくなるケースがあります。学校側も定期的なメンター制度やスクールカウンセラーの配置で対応していますが、子どもの適性を見極める視点は欠かせません。
第二に、港島学園への転校手続きに関するルールです。同校は神戸市立の義務教育学校であるため、原則としてポートアイランド内の指定校区に住民票を異動することが入学・転入の基本要件となります。神戸市中央区役所での転入手続き後、指定された期日までに教育委員会および学園事務局へ書類を提出する流れとなりますが、学年ごとの受け入れ枠や特別支援学級の空き状況等については、転居前に教育委員会へ事前相談を行っておくことが推奨されます。