基礎疾患とは、医学的に「ある主要な病気（感染症や急性外傷など）に対して、その発症や経過、予後に重大な影響を与える元々の基礎的な病気」を指します。日常会話では「持病」と大差ないニュアンスで使われがちですが、公衆衛生や医療政策における位置づけは極めて厳密です。厚生労働省が予防接種法や感染症対策において定める定義では、単なる体調不良ではなく、「罹患した場合に生命維持機能を損なうリスクが極めて高い特定の慢性疾患」が明記されています。
なぜ基礎疾患が存在すると、通常の感染症や急性期疾患が急激に重症化するのでしょうか。国立国際医療研究センター等の臨床研究データが示す通り、その主因は「予備予備能（生理的予備力）の枯渇」と「免疫応答の破綻」にあります。例えば、健康な成人であれば病原体に感染しても、心肺機能や腎機能が代償的に働いて過剰な炎症反応に耐え抜くことができます。しかし、すでに心臓や肺、腎臓に持続的な負荷がかかっている体内では、病原体の侵入を契機に連鎖的な臓器不全（マルチプル・オーガン・フェイラー）へと直結します。
厚生労働省が優先的な医療介入の対象として指定している基礎疾患一覧の主要枠組みは以下の通りです。これらのいずれかに該当し、通院や投薬治療を継続している状態が標準的な該当要件となります。
1. 慢性呼吸器疾患（気管支喘息、COPD、肺線維症など）
2. 慢性心疾患（うっ血性心不全、虚血性心疾患、弁膜症など）
3. 慢性腎臓病（CKD、人工透析患者など）
4. 慢性肝疾患（肝硬変など）
5. 糖尿病（インスリン製剤投与、経口血糖降下薬服用、合併症併発）
6. 血液疾患（白血病、再生不良性貧血など）
7. 免疫機能低下状態（抗がん剤治療中、副腎皮質ステロイド長期内服中、HIV感染症など）
8. 神経・神経筋疾患による呼吸障害
9. 染色体異常、重症心身障害
10. 高度肥満（BMI30以上）
