長野県立こども病院を受診するにあたり、最も多くの親が混乱を来すのが初診予約の厳格なシステムです。同院は一般外来の「飛び込み受付」を行っていません。救急車による緊急搬送を除き、受診には必ず医療機関相互の連携ルートを経由する必要があります。
初診手続きの基本動線は、まず身近な小児科や産婦人科を受診し、担当医に長野県立こども病院への「診療情報提供書（紹介状）」を作成してもらうことから始まります。その後、多くの診療科では紹介元の医療機関を通じて「地域医療連携室」経由で外来予約を確定させます。親自身が電話で初診予約枠を取得できる診療科も一部ありますが、その際も手元に紹介状があることが絶対条件となります。
仮に紹介状を持たずに直接来院した場合、国の医療法に基づき設定された紹介状なしの費用（選定療養費）として、医科初診で7,700円以上（税込）が通常の診療費とは別に全額自己負担として請求されます。それどころか、当日の専門医の緊急手術や病棟対応の状況によっては、医学的な緊急性がない限り当日の診療自体を断られ、近隣の一次・二次医療機関を案内される厳格な運用方針が採られています。無用な経済的・時間的ロスを防ぐためにも、かかりつけ医との事前の連携は避けて通れません。
